パスポートの提出の仕方が難しいのですが、航空会社には米国パスポート
の番号を連絡して予約しておけばESTAは不要です。
つまりESTAはビザウェーバーの事前審査の様な物ですから米国民には要求
されていません。
そしてチェックインも米国パスポート名でチェックインします。
但し日本出国時には日本パスポートで出国します。
当然米国到着時は日本パスポートを仕舞いこみ米国民として入国します。
日本パスポート名で搭乗予約をして、ビザも無い場合ESTA取得をして
いないと搭乗拒否をしてボーディングカードの発行してくれません。